Ce conflit traduit directement l’opposition entre une modernité naissante, incarnée par Dame Eboshi, dirigeante de la Cité du Fer qui exploite les ressources naturelles au profit du progrès technique, et la Princesse Mononoké qui, avec les esprits de la forêt représentant la nature, lutte contre cette cité afin de préserver ces ressources. Pour autant la conclusion suggère une cohabitation possible entre une nature régénérante par la mort du dieu Cerf et une industrialisation modérée conservant alors le milieu dont elle tire ses ressources.
Dame Eboshi, et plus généralement la Cité du Fer, symbolise la naissance de la modernité dans ce Japon médiéval. L’industrialisation de la cité est représentée par la production intensive de fer et d’armes à feu, on remarque alors les débuts de la technique industrielle. Cette industrialisation est directement mise en opposition avec la nature car elle nécessite, pour s’accomplir, la collecte de bois et de minerai, ce qui vient progressivement détruire la forêt. La vision du personnage de Dame Eboshi peut se traduire par une vision utilitariste qui ne voit en la nature qu’une source de ressources à exploiter pour nourrir la machine industrielle. Le film met en avant les progrès sociaux de la Cité du Fer où les femmes sont employées pour participer à la technique industrielle et où les lépreux ont retrouvé une dignité sociale.
Face à cette société industrielle se trouve la nature, avec premièrement le personnage de San, surnommée la Princesse Mononoké, qui s’oppose à la société humaine par sa condition, puisqu’elle se considère comme un membre de la meute du loup l’ayant recueillie plus jeune. Elle nourrit une haine des humains pour leur exploitation et destruction de la forêt, et donc du monde auquel elle appartient. San, bien qu’humaine biologiquement, rejette totalement cette identité et se considère avant tout comme une enfant de la forêt. À travers le personnage de Princesse Mononoké, qui constitue le cœur du film, il y a déjà une illustration de la difficulté de trouver un équilibre entre l’appartenance au monde des hommes et la fidélité au monde naturel. Hayao Miyazaki a décidé de représenter la nature à travers des esprits divins faisant directement référence aux animaux qui y vivent : le cerf, le loup et le sanglier. Cela met alors en avant le caractère sacré de la forêt, qui doit être préservée et qui entre directement en conflit avec la vision utilitariste de Dame Eboshi, ignorant ce caractère sacré pour y voir uniquement une source d’approvisionnement. Miyazaki s’inspire profondément du shintoïsme dans sa représentation de la nature comme sacrée. L’action de la Cité du Fer, affrontant les esprits de la forêt, symbolise la rupture de cette harmonie sacrée par l’Homme. Dans le shintoïsme comme dans le film, le dieu-cerf incarne une divinité suprême de la nature, dont le rôle est de préserver l’équilibre sacré du monde. La nature n’est pas idéalisée pour autant, car les assauts des sangliers sur les humains démontrent une soif de vengeance aboutissant à un affrontement violent.
L’opposition entre les deux camps semble alors, de prime abord, montrer un caractère cupide et égoïste de la vision utilitariste de Dame Eboshi face aux ressources naturelles. Mais si les personnages habitant la forêt confrontent les humains pour préserver leur habitat ainsi que leur identité, on comprend que Dame Eboshi agit pour la survie de la Cité du Fer ainsi que pour l’émancipation sociale qu’apporte l’industrialisation. L’opposition prend place car il y a, au début de l’œuvre, une absence de compromis pour les deux parties : la Cité du Fer veut absolument s’étendre sur la forêt et celle-ci refuse de perdre son territoire. L’opposition entre la Cité du Fer et la forêt crée une escalade de la violence entre les tirs d’armes à feu, les attaques animales et les malédictions. Cette violence engendre alors un cycle de haine renforçant le conflit entre les deux camps. Cette opposition entre nature et modernité, qui est représentée dans cette œuvre, fait fortement écho aux sociétés actuelles où la modernisation, à travers le capitalisme, surexploite les ressources naturelles sans prendre en compte les effets de cette surexploitation, tels que la destruction de l’environnement.
Le personnage d’Ashitaka cherche à achever sa quête personnelle : rompre la malédiction qui le ronge, conséquence d’un affrontement entre nature et humains. Ashitaka refuse de prendre parti pour un camp mais veut aider les deux camps à arrêter le conflit. L’arc final démontre bien la capacité de régénération de la nature à travers la mort du Dieu-Cerf, faisant ainsi repousser la forêt sur les terrains déforestés. On comprend alors que, même si la paix n’est pas officiellement établie à la fin de l’œuvre, la coexistence peut avoir lieu entre la nature qui se régénère et la modernité, qui doit réguler son activité pour ne pas surexploiter les ressources, en imposant des limites. L’idée d’une modernité régulée est développée par l’aide de Ashitaka, qui va aider la Cité du Fer à se reconstruire de façon plus respectueuse vis-à-vis de la forêt.
L’œuvre La Princesse Mononoké met donc, au cours de son histoire, en opposition la nature et la modernité, mais elle met fin à cette opposition dans son final à travers un compromis potentiel entre les deux parties, afin de respecter l’habitat et l’identité de la forêt ainsi que de la Cité du Fer. L’identité de la forêt, incarnée par le personnage de San, et celle de la Cité du Fer, représentée par Dame Eboshi, illustrent une perspective écoféministe. À travers leur rapport opposé à la nature, ces deux personnages deviennent les porte-paroles de visions antagonistes : Dame Eboshi, dirigeante de la Cité du Fer, incarne une modernité industrielle étroitement liée à une modernité sociale, tandis que San, la Princesse Mononoké, symbolise l’opposition à ce modèle en menant régulièrement des attaques contre la Cité aux côtés des loups.